Ο Χειρουργικός Τομέας έχει δυναμικότητα 176 κλινών (όλες ανεπτυγμένες) και Τομεάρχη τον Αθανάσιο Λιούπη, Συντονιστή Δ/ντή, Χειρουργό.
Διαρθρώνεται σε Κλινικές, Μονάδες και Τμήματα ως εξής:
- Χειρουργική Κλινική (62 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Ουρολογική Κλινική (11 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Οφθαλμολογική Κλινική (12 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Γυναικολογική-Μαιευτική Κλινική (12 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Νευροχειρουργικό Τμήμα
- Αναισθησιολογικό Τμήμα
- Οδοντιατρικό Τμήμα
- Ορθοπεδική Κλινική(45 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Ωτορινολαρυγγολογική (ΩΡΛ) Κλινική(45 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Μονάδα Ανάνηψης
- Μονάδα Εντατικής Θεραπείας (8 ανεπτυγμένες κλίνες)
- Μονάδα Αυξημένης Φροντίδας
- Μονάδα Προγεννητικού Ελέγχου και Οικογενειακού Προγραμματισμού